Die großflächigen Waldzerstörungen bewirken einen erheblichen Anstieg der Konzentration des Treibhausgases CO₂ durch Verbrennung bzw. Zerfall großer Mengen organischer Substanz. Dies trifft ganz besonders auf die Torfwälder im Tiefland zu; der Torfuntergrund besteht aus Milliarden Tonnen unzersetzten Pflanzenmaterials. Dadurch ist Indonesien trotz vergleichsweise geringer Industrialisierung nach den USA und China der weltweit drittgrößte CO₂-Emittent.

Der Klimawandel wird durch die Folgen des Anbaus von Ölpalmen beschleunigt. Das durch die Plantagenböden ausgestoßene Kohlenstoffdioxid, Schwefeldioxid und die Stickoxide übersteigen die Einsparung durch das Wachstum der Pflanzen bei Weitem. Kohlenstoffdioxid wird bei folgenden Prozessen frei:

• Durch die Abholzung und Brandrodung von Wald für die Gewinnung von Anbauflächen.
• Großflächige Palmölplantagen werden oft auf Torfboden angepflanzt. Die für den Anbau von Palmöl notwendige Entwässerung des Torfbodens setzt Tonnen von CO₂ frei. (Torfboden ist gering zersetzte Biomasse, die hohe Mengen an CO₂ speichert, solange er nicht mit Luft in Berührung kommt. Wird er entwässert, oxidiert die Biomasse und das gespeicherte CO₂ wird durch Zersetzungsprozesse frei.)
• Zusammenhängende Moorflächen werden durch die Entwässerung eines Teils der Moorfläche über weite Teile degradiert und geschädigt.
• Die Entwässerung des Moorkörpers führt zudem zu einer erhöhten Brandgefahr. Diese Brände sind schwer zu löschen und führen zu Luftverschmutzung und Gesundheitsschäden sowie zu einem immensen CO₂-Ausstoß.
• Geplant gelegte Feuer auf Torfböden geraten außer Kontrolle und können durch den Mangel an Löschflugzeugen nur schwer eingedämmt werden. Zudem breiten sich in Torfböden Feuer durch die poröse Struktur auch in der Tiefe aus und tauchen an anderer Stelle wieder auf oder brennen unterirdisch weiter.

Bei einem Anbau auf 100.000 ha ist mit einem Ausstoß von 3 Millionen Tonnen CO₂ zu rechnen, bevor eine einzige Frucht geerntet ist. (Quelle: Wolfgang Hees et al. (Hrsg.): Volle Tanks - leere Teller. Der Preis für Agrokraftstoffe: Hunger, Vertreibung, Umweltzerstörung. 2007. S. 104)

Die Firma Sinar Mas allein hat auf Sumatra Konzessionen, die bei der Konversion zu Palmölplantagen über 150 Jahre 2,3 Millionen Tonnen Treibhausgasemissionen verursachen würden – Deutschland emittiert pro Jahr 1,2 Millionen Tonnen. (Quelle: Greenpeace: How Sinar Mas is pulping the planet. 2010. S. 7)